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    王艇教授團隊基于統計基因組學分析揭示麻栗坡兜蘭簡單重復序列的表達調控關鍵基序

    來源單位及審核人:生命科學學院 王海洪編輯:李彥華審核發布:曾子焉 發布時間:2024-04-28

      4月22日,Advanced Science(中科院一區Top,影響因子:15.1)發表了我校王艇教授團隊、福建農林大學劉仲健教授團隊和中山大學蘇應娟教授團隊合作完成的題為“Statistical genomics analysis of simple sequence repeats from the Paphiopedilum malipoense transcriptome reveals control knob motifs modulating gene expression”的研究論文。

      該論文對麻栗坡兜蘭(Paphiopedilum malipoense)轉錄組的SSR進行了系統的統計基因組學分析,證實eSSR基序類型與基因表達水平存在關聯,鑒定出9個表達調控基序(expMotif)和11個基序-轉錄區組合;發現基序類型-轉錄區組合是決定SSR所起表達調控作用的關鍵因素,并提出了解釋eSSR作用機制的模型;同時,對eSSR分布與MYB、F-box和TCP家族旁系同源基因的表達水平的相關性也進行了實驗驗證,結果表明eSSR重復單位的突變可導致所在基因的表達發生顯著改變。本研究為認識重復序列對蘭科植物基因組的適應性進化提供了新見解,所建立起的eSSR高通量統計基因組學分析框架也可用于其他植物的研究。

      簡單重復序列(SSR)在原核和真核生物的基因組廣泛存在,能驅動物種快速發生遺傳變異、基因表達進化和環境適應。位于基因內的SSR更是可被用作調節基因表達和生理代謝過程的“旋鈕”,進而引發表型改變??墒?,對于這些具基因表達調控功能的SSR(eSSR),它們的基序組成、拷貝數以及在基因中的分布式樣對基因表達產生的效應,目前還所知較少。



      我校博士生梁穎怡為該論文第一作者。我校王艇教授,福建農林大學劉仲健教授,中山大學蘇應娟教授為論文共同通訊作者。該研究得到國家自然科學基金(31872670;32071781)、廣東省基礎與應用基礎研究基金(2021A1515010911)、廣州市科技計劃項目(202206010107)和福建農林大學林業高峰學科建設項目(72202200205)的資助。

      相關論文信息:https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/advs.202304848


    文圖/生命科學學院


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